Mekanistik Kanıt Matrisi - MACS Araştırma Dokümantasyonu

M2

B293 alternatif polar mikroçevreler arasında değişir

Moderate

Yapısal Kanıt

Yüksek pKa durumu B293'ü B289'un yakınına yerleştirir; düşük pKa durumu B293'ü B128 omurga oksijeninin yakınına yerleştirir

Dinamik / Ağ Kanıtı

Temas-pKa ve mesafe zaman serisi analizleri duruma bağlı yerel yeniden düzenlemeyi destekler

Enerjetik / pKa Kanıtı

Ensemble PROPKA alışılmadık derecede yüksek ve heterojen bir B293 pKa'sı tanımlar

Temel Kantitatif Sonuç B293 ortalama pKa = 8.6708 ± 0.689; pKa >9 kesri = 0.337; seçilen temaslar: B293 ND1–B289 O = 2.715 Å; B293 ND1–B289 OD2 = 3.285 Å; B293 NE2–B128 O = 2.762 Å Ana Belirsizlik PROPKA yapıya dayalı ampirik bir tahminleyicidir; temsili kareler tüm popülasyonları tanımlamaz

M3

B324, pKa ile ilişkili güçlü bir mikroçevre yeniden modellemesi (remodeling) gösterir

Orta–güçlü

Yapısal Kanıt

Yüksek pKa B324 durumu B285 GLU ile yakın temaslar kurar; düşük pKa durumları farklı yerel düzenlemeler benimser

Dinamik / Ağ Kanıtı

Mesafe ve temas analizleri B324 çevresini konformasyonel durumla ilişkilendirir

Enerjetik / pKa Kanıtı

Ensemble PROPKA, geniş pKa heterojenliği ve güçlü pH'a duyarlı protonasyon eğilimi gösterir

Temel Kantitatif Sonuç B324 ortalama pKa = 7.7672 ± 1.227; pKa 6–8 kesri = 0.752; pKa >9 kesri = 0.188; seçilen yüksek durum temasları: ND1–B285 OE1 = 2.719 Å ve ND1–B285 OE2 = 2.897 Å Ana Belirsizlik Büyük pKa dağılımı (dispersion); yapısal durum popülasyonları, açık popülasyon analizi veya sabit pH'lı MD gerektirir

M4

Modül B, pH 6.8'de daha kompakt ve iç temaslıdır

Moderate

Yapısal Kanıt

Ortalama ve temsili yapılar, Modül B organizasyonunun değiştiğini gösterir

Dinamik / Ağ Kanıtı

Modül B temasları, dönme yarıçapı (radius of gyration) ve şekil tanımlayıcıları koşullar arasında tutarlı bir şekilde farklılık gösterir

Enerjetik / pKa Kanıtı

Doğrudan serbest enerji kanıtı yoktur; yorum, öncelikle konformasyonel metriklere dayanmaktadır

Temel Kantitatif Sonuç Son 100 ns: pH 6.8'de temaslar 778.09 ± 13.89'a karşı pH 7.4'te 748.63 ± 14.51; Rg 2.6284 ± 0.0159 nm'ye karşı 2.6481 ± 0.0186 nm; asferisite 1.42259 ± 0.07168 nm²'ye karşı 1.60608 ± 0.11409 nm²; kappa² 0.09890 ± 0.00345'e karşı 0.06252 ± 0.00704 Ana Belirsizlik Her pH koşulu için sadece bir MD trajektorisi; metrik farklılıkları yavaş konformasyonel sürüklenmeyi (drift) içerebilir ve bağımsız kopyalar değildir

M5

Histidince zengin bölgeler pH koşulları arasında dinamik olarak yeniden düzenlenir

Orta–güçlü

Yapısal Kanıt

Net histidin ağı görünümleri, seçilen pH'a duyarlı histidinleri küresel mimariye yerleştirir

Dinamik / Ağ Kanıtı

ANM, DCCM ve ağ analizleri, dalgalanma (fluctuation) ve iletişim modellerindeki koşula bağlı değişiklikleri tanımlar

Enerjetik / pKa Kanıtı

Ensemble PROPKA, öngörülen pKa değerleri fizyolojik geçiş (switching) aralığında veya yakınında olan birkaç histidin tanımlar

Temel Kantitatif Sonuç A275 Δfprot = 0.1321; A282 = 0.1871; A289 = 0.2750; A296 = 0.2365; B324 = 0.2250; B329 = 0.2503; B332 = 0.1996; A293–A296 yakınındaki ANM dalgalanmaları pH 7.4'te daha yüksektir Ana Belirsizlik Ortalama yapı görselleştirmesi yan zincir detayından yoksundur; ANM kaba tanelidir (coarse-grained); PROPKA eşleşmiş titrasyonu doğrudan modellemez

M6

Küresel A-B PB-MMPBSA enerjisi pH 6.8'de yönsel olarak daha olumludur

Orta düzey yönsel

Yapısal Kanıt

Küresel çakışmalar (overlays), MD trajektorisinden türetilmiş ortalamalar arasında önemli konformasyonel farklılık (divergence) gösterir

Dinamik / Ağ Kanıtı

DCCM ve modüller arası ağ analizleri, koşullar arasında değişen birleşmeye (coupling) işaret eder

Enerjetik / pKa Kanıtı

PB-MMPBSA endpoint hesaplamaları, her pH koşulu için 1001 kare kullanılarak tamamlandı; konfigürasyonel entropi dâhil edilmedi

Temel Kantitatif Sonuç ΔTOTAL pH 6.8 = +61.43 kcal/mol (SD 59.38; SEM 1.88); ΔTOTAL pH 7.4 = +71.15 kcal/mol (SD 41.03; SEM 1.30); pH 6.8 − pH 7.4 = −9.72 kcal/mol. Bileşen farklılıkları: ΔEEL = −315.54, ΔEPB = +225.92, ΔGGAS = −113.00, ΔGSOLV = +103.28 kcal/mol Ana Belirsizlik Her pH için tek bir MD trajektorisi, korele kareler, konfigürasyonel entropi yok, büyük kareler arası dağılım (dispersion) ve kopya düzeyinde belirsizlik yok; rapor edilen kare bazındaki SEM, bağımsız kopya anlamlılığı olarak yorumlanmamalıdır