Mekanistik Kanıt Matrisi
Proje: MACS
Doküman türü: Teknik Dokümantasyon
Yıl: 2026
| ID | Mekanistik İddia (Mechanistic Claim) | Yapısal Kanıt (Structural Evidence) | Dinamik / Ağ Kanıtı (Dynamic / Network Evidence) | Enerjetik / pKa Kanıtı (Energetic / pKa Evidence) | Temel Kantitatif Sonuç | Ana Belirsizlik (Main Uncertainty) | Güven (Confidence) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| M2 | B293 alternatif polar mikroçevreler arasında değişir | Yüksek pKa durumu B293'ü B289'un yakınına yerleştirir; düşük pKa durumu B293'ü B128 omurga oksijeninin yakınına yerleştirir | Temas-pKa ve mesafe zaman serisi analizleri duruma bağlı yerel yeniden düzenlemeyi destekler | Ensemble PROPKA alışılmadık derecede yüksek ve heterojen bir B293 pKa'sı tanımlar | B293 ortalama pKa = 8.6708 ± 0.689; pKa >9 kesri = 0.337; seçilen temaslar: B293 ND1–B289 O = 2.715 Å; B293 ND1–B289 OD2 = 3.285 Å; B293 NE2–B128 O = 2.762 Å | PROPKA yapıya dayalı ampirik bir tahminleyicidir; temsili kareler tüm popülasyonları tanımlamaz | MODERATE |
| M3 | B324, pKa ile ilişkili güçlü bir mikroçevre yeniden modellemesi (remodeling) gösterir | Yüksek pKa B324 durumu B285 GLU ile yakın temaslar kurar; düşük pKa durumları farklı yerel düzenlemeler benimser | Mesafe ve temas analizleri B324 çevresini konformasyonel durumla ilişkilendirir | Ensemble PROPKA, geniş pKa heterojenliği ve güçlü pH'a duyarlı protonasyon eğilimi gösterir | B324 ortalama pKa = 7.7672 ± 1.227; pKa 6–8 kesri = 0.752; pKa >9 kesri = 0.188; seçilen yüksek durum temasları: ND1–B285 OE1 = 2.719 Å ve ND1–B285 OE2 = 2.897 Å | Büyük pKa dağılımı (dispersion); yapısal durum popülasyonları, açık popülasyon analizi veya sabit pH'lı MD gerektirir | Orta–güçlü |
| M4 | Modül B, pH 6.8'de daha kompakt ve iç temaslıdır | Ortalama ve temsili yapılar, Modül B organizasyonunun değiştiğini gösterir | Modül B temasları, dönme yarıçapı (radius of gyration) ve şekil tanımlayıcıları koşullar arasında tutarlı bir şekilde farklılık gösterir | Doğrudan serbest enerji kanıtı yoktur; yorum, öncelikle konformasyonel metriklere dayanmaktadır | Son 100 ns: pH 6.8'de temaslar 778.09 ± 13.89'a karşı pH 7.4'te 748.63 ± 14.51; Rg 2.6284 ± 0.0159 nm'ye karşı 2.6481 ± 0.0186 nm; asferisite 1.42259 ± 0.07168 nm²'ye karşı 1.60608 ± 0.11409 nm²; kappa² 0.09890 ± 0.00345'e karşı 0.06252 ± 0.00704 | Her pH koşulu için sadece bir MD trajektorisi; metrik farklılıkları yavaş konformasyonel sürüklenmeyi (drift) içerebilir ve bağımsız kopyalar değildir | MODERATE |
| M5 | Histidince zengin bölgeler pH koşulları arasında dinamik olarak yeniden düzenlenir | Net histidin ağı görünümleri, seçilen pH'a duyarlı histidinleri küresel mimariye yerleştirir | ANM, DCCM ve ağ analizleri, dalgalanma (fluctuation) ve iletişim modellerindeki koşula bağlı değişiklikleri tanımlar | Ensemble PROPKA, öngörülen pKa değerleri fizyolojik geçiş (switching) aralığında veya yakınında olan birkaç histidin tanımlar | A275 Δfprot = 0.1321; A282 = 0.1871; A289 = 0.2750; A296 = 0.2365; B324 = 0.2250; B329 = 0.2503; B332 = 0.1996; A293–A296 yakınındaki ANM dalgalanmaları pH 7.4'te daha yüksektir | Ortalama yapı görselleştirmesi yan zincir detayından yoksundur; ANM kaba tanelidir (coarse-grained); PROPKA eşleşmiş titrasyonu doğrudan modellemez | Orta–güçlü |
| M6 | Küresel A-B PB-MMPBSA enerjisi pH 6.8'de yönsel olarak daha olumludur | Küresel çakışmalar (overlays), MD trajektorisinden türetilmiş ortalamalar arasında önemli konformasyonel farklılık (divergence) gösterir | DCCM ve modüller arası ağ analizleri, koşullar arasında değişen birleşmeye (coupling) işaret eder | PB-MMPBSA endpoint hesaplamaları, her pH koşulu için 1001 kare kullanılarak tamamlandı; konfigürasyonel entropi dâhil edilmedi | ΔTOTAL pH 6.8 = +61.43 kcal/mol (SD 59.38; SEM 1.88); ΔTOTAL pH 7.4 = +71.15 kcal/mol (SD 41.03; SEM 1.30); pH 6.8 − pH 7.4 = −9.72 kcal/mol. Bileşen farklılıkları: ΔEEL = −315.54, ΔEPB = +225.92, ΔGGAS = −113.00, ΔGSOLV = +103.28 kcal/mol | Her pH için tek bir MD trajektorisi, korele kareler, konfigürasyonel entropi yok, büyük kareler arası dağılım (dispersion) ve kopya düzeyinde belirsizlik yok; rapor edilen kare bazındaki SEM, bağımsız kopya anlamlılığı olarak yorumlanmamalıdır | Orta düzey yönsel |