MDP Tutarlılık Raporu
Bu rapor, MACS simülasyon sistemleri genelinde kullanılan Moleküler Dinamik parametre (MDP) ayarlarının tutarlılığını doğrular. pH 6.8 ve pH 7.4 koşulları arasında adil bir karşılaştırma sağlamak için temel üretim (production) parametreleri denetlenmiştir.
Üretim (Production) MD Parametreleri (300 ns)
Karşılaştırılan ayarlar için denetlenen üretim parametreleri, pH 6.8 ve pH 7.4 sistemleri arasında eşleşmiştir.
| Parametre Grubu (Parameter Group) | Ayar (Setting) (pH 6.8 & pH 7.4) |
|---|---|
| Çalıştırma Kontrolü (Run Control) | integrator = md dt = 0.002 nsteps = 150000000 (300 ns) continuation = yes |
| Kısıtlamalar (Constraints) | constraint_algorithm = lincs constraints = h-bonds |
| Bağsız (Non-bonded) ve Elektrostatik | cutoff-scheme = Verlet coulombtype = PME rcoulomb = 1.0 vdwtype = Cut-off rvdw = 1.0 |
| Sıcaklık kuplajı | tcoupl = V-rescale tc-grps = Protein Non-Protein ref_t = 310 tau_t = 0.1 |
| Basınç kuplajı | pcoupl = C-rescale pcoupltype = isotropic ref_p = 1.0 tau_p = 5.0 compressibility = 4.5e-5 |
Doğrulama Sonucu
Karşılaştırmalı MD trajektorileri için kullanılan denetlenmiş üretim-MD ayarları arasında maddi bir fark tespit edilmemiştir. Her iki koşul da V-rescale sıcaklık kuplajı, C-rescale basınç kuplajı ve PME elektrostatik dâhil olmak üzere aynı temel üretim kurulumunu kullanmış ve önceki NPT dengeleme (equilibration) adımlarından devam etmiştir.
Ara (intermediate) mdout.mdp dosyalarında gözlemlenen geçici farklılıklar (örneğin, minimizasyona karşı MD adımları) kesinlikle dengeleme (equilibration) dizisine karşılık gelir ve nihai 300 ns'lik karşılaştırmalı MD trajektorilerini kapsamaz.