Hesaplamalı Biyofizik ve Terapötik Tasarımı
Hesaplamalı biyofizik ve koşula duyarlı terapötik tasarımı alanında bağımsız araştırma.
Hastalık mikroçevrelerine dinamik olarak uyum sağlayan terapötiklere odaklanarak titiz çok ölçekli simülasyon ve fizikokimya prensipleri aracılığıyla akıllı biyolojik sistemler tasarlamak.
Önerilen aktif durum (pH 6.8) vs önerilen dingin durum (pH 7.4)
Öne Çıkan Araştırmalar
Koşula Duyarlı Terapötik
MACS: Modular Activated Cancer Suppressor
Asidik mikroçevreye duyarlı mantıksal geçitleme (logic gating) özelliğine sahip, tek mRNA kodlu çoklu alanlı (multi-domain) protein sistemi.
MDX-1
Alana Özgü Mimari
MDX: Moleküler Dinamik Hızlandırıcısı
Klasik MD iş yükleri için doğruluk-öncelikli, silikon öncesi, alana özgü bir hızlandırıcı mimarisi.
Araştırma Temelleri
Hesaplamalı Yapısal Biyoloji
Mühendislik ürünü protein sistemlerinde atomistik moleküler dinamik, konformasyonel analiz ve yapı-işlev ilişkileri.
Koşula Duyarlı Terapötikler
Fizikokimyasal kapılama (gating) yoluyla sağlıklı ve hastalıklı mikroçevreleri ayırt eden biyoterapötikler için tasarım prensipleri.
Bilimsel Hesaplama ve Hızlandırıcı Mimarisi
Moleküler dinamik ve bilimsel hesaplama iş yükleri için doğruluk öncelikli referans modelleri ve alana özgü mimariler.
Seçili Raporlar ve Dokümanlar
| Doküman Başlığı | Proje | Tür | Tarih | Erişim |
|---|---|---|---|---|
| MACS Mechanistic Evidence Summary | MACS | Teknik Rapor | 2026 | Dokümanı oku → |
| MACS Methodological Decision Log | MACS | Teknik Dokümantasyon | 2026 | Dokümanı oku → |
| MACS Mechanistic Evidence Matrix | MACS | Teknik Dokümantasyon | 2026 | Matrisi görüntüle → |
| MDP Consistency Report | MACS | Teknik Dokümantasyon | 2026 | Raporu oku → |
Buluşlar ve Patentler
Moleküler İşaretçi Yoğunluğuna Bağlı Koşullu Aktivasyon ve Protein Yıkımına Olanak Sağlayan Modüler Sentetik Transmembran Biyolojik Sistem
Ulusal Patent Başvurusu Yapıldı- Yargı Alanı
- Türkiye (TÜRKPATENT)
- Buluş Sahibi
- Selman Ali Dokumacı
Herkese açık başvuru bilgileri. Detaylar yayınlanana kadar gizli tutulmuştur.
Hakkında
Hesaplamalı biyofizik ve moleküler mühendislik üzerine odaklanan bağımsız araştırmacı.
Mevcut çalışmalar atomistik simülasyon, elastik ağ (elastic network) analizi ve termodinamik modelleme kullanarak koşula duyarlı protein sistemleri tasarlamaya odaklanmaktadır.
Araştırmalar, yerel GPU iş istasyonları ve yüksek başarımlı hesaplama (HPC) erişimi dâhil olmak üzere bilgisayar kaynakları ile bağımsız olarak yürütülmektedir.
İletişim
Akademik iş birliği, araştırma talepleri veya profesyonel iletişim için aşağıdaki kanallar aracılığıyla ulaşabilirsiniz:
Not: Araştırma ile ilgili taleplere öncelik verilmektedir. İlk iletişim için LinkedIn önerilir.